目前，管理科研經(jīng)費的部門主要有國家發(fā)改委、科技部、科學院、教育部、自然科學基金委以及一些相關(guān)部委，這些部門各自為政，導致科研經(jīng)費不能合理有效地使用。對此，九三學社中央委員、中國科學院院士、清華大學教授王志新認為，進行科技體制改革，首先要改革科研經(jīng)費管理模式。
王志新認為，科研經(jīng)費總體上可以劃分為基礎(chǔ)研究、應(yīng)用基礎(chǔ)研究以及應(yīng)用研究三部分。基礎(chǔ)研究經(jīng)費由自然科學基金委管理，主要投入到研究型高校，用于穩(wěn)定一支高水平的科學家隊伍和培養(yǎng)各個領(lǐng)域、行業(yè)所需的高級專業(yè)人才?？梢愿鶕?jù)研究生教育和培養(yǎng)高層次人才的需要確定基礎(chǔ)研究經(jīng)費在整個R&D中所占的比例。例如，在生命科學領(lǐng)域，美國培養(yǎng)一個博士研究生每年需要大約50萬元人民幣，香港約為30萬―40萬元人民幣。假定我國在校生命科學博士研究生為2萬人，每人以10萬元人民幣計算，則每年需要20億元人民幣。此外，研究生導師的工資和管理費約需10億元人民幣/年。因此，每年在生命科學領(lǐng)域的基礎(chǔ)科研經(jīng)費投入應(yīng)為30億元人民幣左右。以此類推，就可以計算出我國基礎(chǔ)研究每年所需的總經(jīng)費。根據(jù)其他國家的經(jīng)驗，這部分經(jīng)費應(yīng)占整個R&D的15%至20%。應(yīng)用基礎(chǔ)研究經(jīng)費應(yīng)由隸屬于科學院和相關(guān)各部委的國家實驗室進行管理，主要通過招投標方式，組織研究院、所以及高等院校的科研人員，對一些國家需求和生產(chǎn)實踐中所提出的重大問題進行科技攻關(guān)。雖然應(yīng)用基礎(chǔ)研究目標明確，但不能馬上產(chǎn)生經(jīng)濟效益，企業(yè)往往不能或不愿對這類研究投入較多的時間和經(jīng)費，其經(jīng)費來源仍以國家財政為主。應(yīng)用研究經(jīng)費應(yīng)由國務(wù)院相關(guān)部委負責管理，主要支持大、中型企業(yè)進行研發(fā)。由于應(yīng)用研究與生產(chǎn)、市場密切相關(guān)，企業(yè)就成為應(yīng)用研究的主體。這部分經(jīng)費不應(yīng)再投入到高?；蚱渌菭I利性研究機構(gòu)，而應(yīng)直接投入與生產(chǎn)密切相關(guān)的企業(yè)，同時促使目前在事業(yè)單位從事應(yīng)用研究的科研人員向企業(yè)流動。
王志新對科技和高等教育科研經(jīng)費的使用提出五點建議。一、為了保證離退休人員的利益以及改革的順利進行，應(yīng)將現(xiàn)有的各單位事業(yè)費撥款固定，主要用于離退休人員的工資、醫(yī)療費以及改革中所遇到的一些問題?，F(xiàn)有各單位的事業(yè)費基本上是按人員比例撥付，對于大部分上世紀五十年代成立的事業(yè)單位來說，這部分經(jīng)費基本上僅夠支付離退休人員的工資和醫(yī)藥費。二、國家用于基礎(chǔ)研究、應(yīng)用基礎(chǔ)研究的經(jīng)費應(yīng)當統(tǒng)籌規(guī)劃（包括863、973、科學院知識創(chuàng)新工程、教育部985、大型基礎(chǔ)設(shè)施平臺建設(shè)以及各類攻關(guān)項目等由國家支出的經(jīng)費），并將研究生教育經(jīng)費納入基礎(chǔ)研究經(jīng)費統(tǒng)一管理，與大、中、小學的教育經(jīng)費分開。在美國，教授所申請到的科研經(jīng)費大約有60%―70%是用于支付研究生的學費、獎學金以及博士后工資等費用。三、目前，事業(yè)單位機構(gòu)改革所遇到的最大難題是哪些機構(gòu)應(yīng)該撤銷，哪些人員應(yīng)該分流。在科研領(lǐng)域中，可以通過實行新的科研經(jīng)費管理模式來實現(xiàn)。在研究人員獲得科研經(jīng)費的同時，科研經(jīng)費管理部門還應(yīng)該給科研單位匹配相應(yīng)的管理費，用于科研支撐體系的運行和支付主要固定人員（如課題組長、實驗輔助人員、管理人員）的工資。根據(jù)國外經(jīng)驗，科研經(jīng)費與管理費比例通常為2:1。這樣，國家不必向任何現(xiàn)有的科研單位另行撥付固定的運行費，一個單位運行費的多少完全取決于其所聘用的研究人員爭取到的科研經(jīng)費的多寡；而且，經(jīng)過一段時間，爭取不到科研經(jīng)費的單位和人員將自動被淘汰或分流。
一般來說獲得終身副教授以上職位的教員同時獲得長期聘任合同。進入終身教職系列人員的各項待遇均應(yīng)高于未進入系列的正教授，包括招收博士研究生資格，全部工資由學校出，不與其申請的經(jīng)費掛鉤。未進入終身教職系列的人員按照現(xiàn)有的合同制聘任，不能獲得長期聘任合同。五、成立全新模式的國家實驗室和國家工程中心。根據(jù)國家需求，負責規(guī)劃和組織本領(lǐng)域的研究項目，解決具有行業(yè)普遍性、全局性的應(yīng)用基礎(chǔ)研究問題，而目前企業(yè)不愿承擔或無力承擔這些基礎(chǔ)研究。經(jīng)費應(yīng)由財政部全額撥款，由科技辦公室組織有關(guān)部門及專家對其進行定期評估，并決定下一階段經(jīng)費比例。
王志新最后強調(diào)，要建立公平、公正、合理的科研經(jīng)費立項、申請、評審、考核機制。關(guān)于這一點，國家自然科學基金委做得比較好，應(yīng)在實踐中繼續(xù)完善?？萍疾亢推渌鞑课芾淼慕?jīng)費，如有可能，也應(yīng)采取基金會的管理模式，避免不公平競爭。
